Agentka specjalna Jane Tennant (Vanessa Lachey) i jej podwładni zmagają się ze sprawami kryminalnymi w Pearl Harbor na Hawajach. Śledztwa dotyczą ewentualnych zagrożeń dla bezpieczeństwa narodowego Stanów Zjednoczonych. Funkcjonariuszom pomagają wykwalifikowani specjaliści i lokalni mieszkańcy.Ciało marynarza zostaje wyrzucone na brzeg wyspy w świętym miejscu lokalnej społeczności. Ekipa NCIS korzysta z pomocy agenta specjalnego Pike'a z CGIS, żeby rozwiązać zagadkę. Funkcjonariusze podejrzewają, że w okolicy może działać seryjny morderca. Tymczasem Tennant poznaje nową dziewczynę Alexa.