Żółwie są już nastolatkami. Dorastanie okazuje się być dla nich czasem pełnym wyzwań. Przyjaciele muszą połączyć chodzenie do liceum w Nowym Jorku ze swoimi obowiązkami jako bohaterowie.Bishop stara się złapać Donniego, ale ten ucieka przez nowojorskie metro. Chce powstrzymać jej Mechazoidy. Okazuje się, że nawet on nie jest pewien swojej wygranej ze sztuczną inteligencją, która znajdzie odpowiedź na każdy jego pomysł.