Zaginiona Atlantyda została zbudowana przez starożytną cywilizację, której wiedza techniczna znacznie przewyższała ludzką. Międzynarodowa grupa naukowców wojskowych znajduje miasto. Okazuje się, że dzięki nowej technologii, odkrytej w mieście-statku, mogą korzystać z sieci gwiezdnych bram i podróżować po całym wszechświecie. Czeka ich jednak walka z nowym przeciwnikiem, tajemniczą rasą istot zwanych Widmami. Żywią się one ludzką siłą życiową.McKay cierpi na dziwną chorobę, która powoduje, że traci pamięć. Okazuje się, że wywołuje ją pasożyt, którego nie da się usunąć. Ronan przypomina sobie o magicznej świątyni, gdzie jego ojciec powrócił do zdrowia. Jednak transport McKaya do świątyni jest bardzo niebezpieczny, ponieważ planeta, na której się znajduje, jest opanowana przez Widma.