Zaginiona Atlantyda została zbudowana przez starożytną cywilizację, której wiedza techniczna znacznie przewyższała ludzką. Międzynarodowa grupa naukowców wojskowych znajduje miasto. Okazuje się, że dzięki nowej technologii, odkrytej w mieście-statku, mogą korzystać z sieci gwiezdnych bram i podróżować po całym wszechświecie. Czeka ich jednak walka z nowym przeciwnikiem, tajemniczą rasą istot zwanych Widmami. Żywią się one ludzką siłą życiową.Po przebudzeniu doktor Keller odkrywa, że jej ręka pokryta jest czerwoną, lepką substancją. Kiedy nie pojawia się na swoim stanowisku, zostaje wysłana ekipa. Niebawem poszukiwacze znajdują doktor Keller owiniętą w kokon. Dochodzą do wniosku, że pokrywa ją ta sama substancja, z której powstają statki Widm. Może ona wkrótce przejąć kontrolę nad całą stacją. Jedynie doktor Beckett może uratować ekipę przed infekcją.