Trzeci sezon serialu opowiadający o przygodach bohaterów w świecie Gwiezdnych Wrót. Po powstrzymaniu Widm przed dotarciem na Ziemię i porażce w badaniach nad retrowirusem ekspedycja rozpoczyna trzeci rok pobytu w Galaktyce Pegaza z ciągłym zagrożeniem ze strony Widm, a także z nowym, potężnym wrogiem, Asuranami, samoreplikującymi się nanobotami chcącymi wyeliminować mieszkańców Atlantydy i zniszczyć miasto.John Sheppard zostaje pojmany i uwięziony przez Kolyę. W celi obok uwięzione jest Widmo. Doktor Weir podejmuje się negocjacji, które mają doprowadzić do uwolnienia Shepparda. Aby uciec, John musi znaleźć płaszczyznę porozumienia z jedyną istotą, która ma taki sam cel, jak on.