Trzeci sezon serialu opowiadający o przygodach bohaterów w świecie Gwiezdnych Wrót. Po powstrzymaniu Widm przed dotarciem na Ziemię i porażce w badaniach nad retrowirusem ekspedycja rozpoczyna trzeci rok pobytu w Galaktyce Pegaza z ciągłym zagrożeniem ze strony Widm, a także z nowym, potężnym wrogiem, Asuranami, samoreplikującymi się nanobotami chcącymi wyeliminować mieszkańców Atlantydy i zniszczyć miasto.Ekipa spotyka piekarza Luciusa Lavina, którego uwielbia cała wioska. Tymczasem McKay pracuje nad zbudowaniem mostu z Gwiezdnych Wrót, który połączyłby Ziemię z Atlantydą. Kiedy doktor Beckett odwiedza wioskę Lavina, zostaje zaintrygowany leczniczymi ziołami.