Trzeci sezon serialu opowiadający o przygodach bohaterów w świecie Gwiezdnych Wrót. Po powstrzymaniu Widm przed dotarciem na Ziemię i porażce w badaniach nad retrowirusem ekspedycja rozpoczyna trzeci rok pobytu w Galaktyce Pegaza z ciągłym zagrożeniem ze strony Widm, a także z nowym, potężnym wrogiem, Asuranami, samoreplikującymi się nanobotami chcącymi wyeliminować mieszkańców Atlantydy i zniszczyć miasto.Weir wraz z ekipą odwiedzają planetę M7R-227. Znajdują na niej zaawansowaną cywilizację Asuran. Okazuje się, że posługują się oni technologią Pradawnych. Nie są jednak przyjaźnie nastawieni do innych.