Ciąg dalszy przygód członków ekspedycji wojskowo-badawczej pod kierownictwem Johna Shepparda. Załoga wychodzi cało z ataku Widm. Wkrótce dzięki Dedalowi i nowemu modułowi zeropunktowemu udaje się odzyskać kontakt z Ziemią. Dr Carson Beckett tworzy retrowirusa, dzięki któremu można zamieniać Widma w ludzi. Jego niedokończona wersja zostaje użyta przez Ellię. W efekcie traci ona resztki człowieczeństwa.Porucznik Michael Kenmore budzi się w bazie z zanikiem pamięci. Doktor Beckett mówi, że cierpi on na amnezję. Michael zaczyna mieć koszmary, że jest Widmem. Są to efekty eksperymentów, które były przeprowadzane na nim, kiedy był więźniem.