Serial jest kontynuacją filmu 'Gwiezdne wrota'. Kolejne odcinki ilustrują wyprawy do innych światów przy wykorzystaniu tytułowych wrót.Generał Hammond ogłasza, że odchodzi z pozycji szefa SGC. O'Neill podejrzewa, że za jego decyzją kryje się coś więcej. Wkrótce okazuje się, że O'Neill miał rację, a za zmianę władzy odpowiedzialne jest NID. Bez względu na wszystko zmuszono go do rezygnacji. Zastępca Hammonda doprowadza do rozpadu SG-1. Przydziela Carter do stworzenia bomby, której celem będą inne planety.