Przygody rodziny Nektonów, która mieszka na pokładzie łodzi podwodnej "Aronax" i, dysponując wysoko zaawansowanymi technologiami, wyrusza w niezbadane morskie odmęty. Bohaterowie troszczą się o podwodny świat, wiedząc, że grożą mu różne niebezpieczeństwa. Bronią się przed atakami pirackimi, zmagają z telewizyjnym gwiazdorem i walczą z firmami zanieczyszczającymi środowisko. Nektonowie próbują odnaleźć Lemurię, tajemniczą krainę, rzekomo zamieszkałą przez ich przodków.Agnes, która jest paleontologiem i przyjaciółką Kaiko, zwraca się do Nektonów z prośbą o zbadanie jaskini w poszukiwaniu skamieniałości nieznanego gatunku dinozaura. Podczas poszukiwań rodzina dokonuje odkrycia, jednak znajduje zupełnie coś innego, niż oczekiwała.