W szóstym sezonie agenci zmierzą się z kolejnymi skomplikowanymi sprawami. Zajmą się dochodzeniem dotyczącym niezidentyfikowanego obiektu latającego. Będą musieli również przyjrzeć się niewyjaśnionemu morderstwu, które miało miejsce wiele lat wcześniej.Zespół jest zaniepokojony, gdy nagle urywa się kontakt z Sebastianem. Okazuje się, że potajemnie stał się nowym rekrutem.