W szóstym sezonie agenci zmierzą się z kolejnymi skomplikowanymi sprawami. Zajmą się dochodzeniem dotyczącym niezidentyfikowanego obiektu latającego. Będą musieli również przyjrzeć się niewyjaśnionemu morderstwu, które miało miejsce wiele lat wcześniej.Z klubu muzycznego znika syn byłej minister Tajlandii, którego miał chronić Sebastian. Mężczyzna prosi zespół NCIS o pomoc w znalezieniu go.