Do głównych zadań detektywów rządowej agencji NCIS należy wykrywanie przestępstw, które są powiązane z marynarką wojenną bądź korpusem piechoty morskiej. Emerytowany oficer dochodzeniowy Jethro Gibbs (Mark Harmon) często służy swoją pomocą w prowadzonych śledztwach. Do zespołu należą: szef ekipy Anthony DiNozzo (Michael Weatherly), który wcześniej pracował w wydziale zabójstw w Baltimore, Timothy McGee (Sean Murray) - specjalista od komputerów, Abby Sciuto (Pauley Perrette) - znawczyni medycyny sądowej, doktor Donald "Ducky" Mallard (David McCallum) - lekarz sądowy, a także Ziva David (Cote de Pablo) - funkcjonariuszka izraelskiej agencji wywiadowczej. Wszystkimi agentami kieruje dyrektor Jenny Shepard (Lauren Holly), dawna miłość Gibbsa.Kapitan marynarki wojennej zostaje zamordowany. Zespół Gibbsa bada okoliczności zbrodni. Okazuje się, że ofiara miała dostęp do ściśle tajnych informacji wojskowych. Dane są zaszyfrowane w jej komputerze. Abby potrafi odczytać kod, ale ktoś kasuje wszystkie pliki z dysku. Świadkiem w sprawie zabójstwa jest Stephanie, eksżona Gibbsa. Byli małżonkowie muszą się znowu spotykać przy okazji prowadzonego śledztwa, co dla obojga nie jest zbyt komfortowe. W dochodzeniu uczestniczy również pani porucznik Hollis Mann.