Do głównych zadań detektywów rządowej agencji NCIS należy wykrywanie przestępstw, które są powiązane z marynarką wojenną bądź korpusem piechoty morskiej. Emerytowany oficer dochodzeniowy Jethro Gibbs (Mark Harmon) często służy swoją pomocą w prowadzonych śledztwach. Do zespołu należą: szef ekipy Anthony DiNozzo (Michael Weatherly), który wcześniej pracował w wydziale zabójstw w Baltimore, Timothy McGee (Sean Murray) - specjalista od komputerów, Abby Sciuto (Pauley Perrette) - znawczyni medycyny sądowej, doktor Donald "Ducky" Mallard (David McCallum) - lekarz sądowy, a także Ziva David (Cote de Pablo) - funkcjonariuszka izraelskiej agencji wywiadowczej. Wszystkimi agentami kieruje dyrektor Jenny Shepard (Lauren Holly), dawna miłość Gibbsa.Zostaje zamordowany oficer piechoty, który był wyznawcą islamu. Ciało mężczyzny znaleziono niedaleko meczetu. Agenci FBI podejrzewają, że w tej samej okolicy terroryści werbują nowych członków do swojej organizacji. Ducky wstrzymuje śledztwo, twierdząc, że nie wykona sekcji zwłok ofiary. Tłumaczy się tym, że chce uszanować wolę rodziny zmarłego.