Podczas ryzykownej misji na odległej planecie kapitan Kirk (Chris Pine) łamie dyrektywę nieingerowania w życie innych cywilizacji. Traci okręt i zostaje zdegradowany. Dzięki wstawiennictwu admirała Pike'a (Bruce Greenwood) zostaje jego pierwszym oficerem. Tymczasem w Londynie John Harrison (Benedict Cumberbatch) atakuje archiwum Gwiezdnej Floty. W kwaterze głównej zbiera się sztab kryzysowy, w którego skład wchodzą również Kirk, Spock (Zachary Quinto) i Pike. Obrady przerywa kolejny atak Harrisona. Jedną z ofiar jest Pike. Terrorysta ucieka na klingońską planetę Kronos. Admirał Marcus (Peter Weller) zleca Kirkowi schwytanie zbiega.