Minęły dwa lata od zwycięskiej bitwy z nieobliczalnymi Deceptikonami, po której zapanował pokój. Ludzie i przyjazne im Autoboty razem pilnują porządku. Sam Witwicky, który odegrał kluczową rolę podczas wojny między dwiema rasami inteligentnych robotów, teraz prowadzi spokojne życie. Właśnie ma rozpocząć naukę w college'u i martwi się czekającą go rozłąką z ukochaną Mikaelą Banes. Nie jest mu jednak dane skupić się na prozaicznych kłopotach. Kolejny raz chłopak trafia w środek konfliktu maszyn. Deceptikony wykradają bowiem resztki Megatrona, a następnie przywracają go do życia. Teraz może on zaatakować ze znacznie większą siłą. Sam, który wpada na trop tajemnicy związanej z pochodzeniem pierwszych Transformersów, staje się celem wrogich Deceptikonów. Musi zmylić pościg. Wybucha konflikt, który tym razem zagraża nie tylko Błękitnej Planecie, lecz także całemu wszechświatowi. Ponownie dzielny nastolatek ma stawić czoło gigantycznym maszynom.