Wybraniec Neo (Keanu Reeves) nauczył się już kontrolować swoje nadzwyczajne umiejętności. Tymczasem Zion, ostatni bastion ludzkości, otacza armia maszyn. Do inwazji zostało kilka godzin. Mieszkańcy miasta wierzą jednak w przepowiednię wyroczni, która głosi, że wybraniec zakończy wojnę. Neo dręczą niepokojące wizje. Chcąc wypełnić wolę wyroczni i ocalić Zion, wraca z Trinity (Carrie-Anne Moss) i Morfeuszem (Laurence Fishburne) do Matriksa, aby odnaleźć tajemniczego Klucznika. Oznacza to konfrontację z Merowingiem (Lambert Wilson) i jego ludźmi (Neil Rayment, Adrian Rayment). Na ich drodze staje również bezwzględny agent Smith (Hugo Weaving). Znakomity, perfekcyjny technicznie film akcji. Druga część serii rodzeństwa Wachowskich jest pełna innowacyjnych efektów komputerowych oraz spektakularnych scen walki, które nadal zadziwiają choreograficzną wirtuozerią.